No século XVI, era comum dizer que as doenças eram provocadas pelo diabo ou por feitiços de inimigos. Receitavam-se poções variadas, mas em muitos casos os curandeiros conheciam o valor medicinal de plantas e ervas.
A prática da medicina, na vida cotidiana dos menos favorecidos, estava muito ligada a um saber empírico misturado com religião; presumia-se que os fenômenos biológicos, assim como as manifestações da natureza (tempestades, secas, etc.) dependiam da vontade de Deus. Se havia uma epidemia, por exemplo, o melhor remédio era rezar, fazer jejuns ou procissões dedicadas a Deus e aos santos.
Mas nem toda medicina da época era mágica ou subordinada à religião. Desde a Antiguidade grega, nos séculos V e IV A. C.; Hipócrates e Aristóteles se dedicaram muito ao estudo do corpo humano, sua anatomia e seus humores. Durante a Idade Média, boa parte desses conhecimentos se perdeu, embora tenha sido recuperado e aprimorado pelos muçulmanos. Avicena, por exemplo, filósofo e médico persa que viveu entre os séculos X e XI, tornou-se seguidor das teorias dos gregos Hipócrates e Galeno, cujos conhecimentos acabaram influenciando os estudiosos europeus. Na península Ibérica, em particular, foi grande a contribuição dos médicos muçulmanos e judeus.
Os estudos médicos e as descobertas biológicas da época moderna eram vistos com desconfiança pela Igreja. Muitos temiam as perseguições inquisitoriais por se dedicarem ao estudo científico. um exemplo desse receio encontra-se na dissecação de cadáveres, que acabou se tornando comum no estudo da Medicina, mas naquela época era condenada. Leonardo da Vinci, grande artista e sábio do renascimento, era um dos que praticava a dissecação de cadáveres em seus estudos de anatomia.
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